Historia Colonial

Para cuando se dio el arribo de los españoles, la ciudad ya había sido arrasada por la selva. Fue por ello que los conquistadores se encontraron con los lencas dominando la región occidental de Honduras, y no la civilización maya.
El 30 de julio de 1502, Cristóbal Colón arribó a las costas de Honduras en su cuarto y último viaje por el continente americano. Dos décadas más tarde, comenzaría la conquista del territorio hondureño por orden de Hernán Cortés. Esta tarea, Cortés decidió encomendársela a Cristóbal de Olid pero él lo traicionó cuando se trasladó a Cuba y se puso de acuerdo con el enemigo de Cortés: Diego de Velázquez. Por ello, Olid pagó con su vida. La conquista de Honduras tradicionalmente se considera culminó a finales de del año de 1537 con la derrota de los Lencas particularmente con la muerte de Lempira a manos de los españoles, la verdad sea dicha el proceso de resistencia indígena no fue de gran intensidad pero si de las más largas de América pues perduro hasta el siglo XIX. - Después de 1537, Honduras pasó a formar parte de la Capitanía General de Guatemala. En la ciudad de Gracias estuvo durante un tiempo la sede de la Real Audiencia de los Confines.
A fines del siglo XVIII Honduras (llamada Comayagua en esa época, por el nombre de la ciudad que era entonces su capital) fue erigida en Intendencia mediante la unificación de varios corregimientos y alcaldías mayores. De 1812 a 1814 y de 1820 a 1821, durante la vigencia de la Constitución de Cádiz, formó parte de la Provincia de Guatemala. La Alcaldía Mayor de Tegucigalpa se separó del Intendencia de Comayagua (por Real Cédula de 24 Enero de 1818) en 1818.